O IGC, criado pelo MEC em 2008, avalia o nível de excelência dos cursos de graduação e pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado). Para a graduação, são verificados os conhecimentos agregados pelos alunos e variáveis de insumo, que se dá pela avaliação do corpo docente, infraestrutura disponibilizada pela IES, bem como organização didático-pedagógica. No caso dos cursos de pós-graduação, é levada  em consideração a nota da  Capes - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.

Das 488 IES do estado de São Paulo, seja universidade, centro universitário ou faculdade, participantes da pesquisa realizada pelo INEP/MEC, apenas 8 alcançaram o conceito 5 e 30 o conceito 4. A Toledo Presidente Prudente figura nesse ranking entre as 8% melhores instituições do Estado. No levantamento Brasil, participam da pesquisa 2001 IES, mas apenas 141 obtiveram conceito 5 e 4.

A Toledo Presidente Prudente está na 123ª posição, entre as 7% melhores IES do Brasil, sendo a instituição de ensino superior privada com a melhor colocação na região.

Confira a colocação e pontuação, no estado, das instituições de ensino da região:

13ª - Universidade Estadual Paulista (UNESP) – nota 4
36ª - Faculdades Integradas Antônio Eufrásio de Toledo – Presidente Prudente – nota 4
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49ª - Faculdade de Educação de Osvaldo Cruz (Feocruz) – Oswaldo Cruz -  nota 3
68ª - Instituto Superior de Educação de Junqueirópolis (ISEJ) – Junqueirópolis – nota 3
105ª - Universidade do Oeste Paulista (UNOESTE) – P. Prudente – nota 3
115ª - Faculdade de Primavera (CESPRI) – Primavera – nota 3
138ª - Faculdade de Tupi Paulista (CESTUPI) – Tupi Paulista – nota 3
143ª - Faculdades de Dracena – Dracena – nota 3
154ª - Faculdade de Ciências Gerenciais de Dracena (FCGD)– nota 3
205ª - Faculdade de Presidente Prudente (UNIESP) – P. Prudente – nota 3
208ª - Faculdade de Direito da Alta Paulista (FADAP) – Tupã/SP – nota 3
247ª - Faculdade de Tecnologia de Oswaldo Cruz (FATEC) – Oswaldo Cruz
248ª - Faculdade Ranchariense (FRAN) – Rancharia/SP – nota 3
267ª - Universidade Paulista (UNIP) – nota 3
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283ª - Instituto Municipal de Ensino Superior de Assis (IMESA) – nota 2
382ª - Faculdade de Educação de Assis – (FAEDA) – nota 2
391ª - Faculdade de Administração de Assis – (FAA) – nota 2

Resultados obtidos pela Toledo Presidente Prudente  em 2008 e 2009: